1、西方殖民者开始侵扰东南沿海，促使中国推行海禁政策。
从新航路开辟后的16世纪开始，葡萄牙、西班牙、荷兰等殖民者，相继侵入我国东南沿海。葡萄牙是最早侵入我国的西方国家。1553年，葡萄牙殖民者以租借名义，攫取了在我国澳门的居住权。17世纪，荷兰人和西班牙人相继占領台湾北部和南部。后来荷兰人赶走西班牙人，独占台湾。西方殖民者对东方的殖民扩张日益疯狂，威胁中国沿海安全和明清政府的统治。明世宗嘉靖元年（公元1522年），明朝和葡萄牙在广东新会爆发了西草湾之役，损失惨重的葡萄牙人开始北上，想在浙江、福建一带从事走私，获取暴利。以西草湾之役为契机，给事中夏言给嘉靖皇帝上书建议罢市舶，厉行海禁。于是，朝廷接受建议，封锁了沿海各港口，销毁出海船只，断绝了海上交通。为抵制西方殖民者的骚扰，清政府设置广州十三行，开始实行闭关政策。海禁和闭关政策一定程度上打击和限制了海上走私和海盗行为，维护了沿海地区的稳定，对西方殖民者的侵略活动起到一定的自卫作用。但是，阻碍了中国与西方国家之间的正常经济文化交流和中国资本主义萌芽的发展，这是近代中国逐渐落后于西方各国的根源之一。2、原产于美洲的高产农作物引种中国，刺激了明清时期人口的大量增加。
新航路开辟后，中国从菲律宾等地大规模引种西班牙人从中南美洲带来的玉米、马铃薯、花生、烟草、向日葵、番茄等作物，尤其是耐旱、耐瘠的高产作物马铃薯、番薯和玉米的种植，使以往并不适合一般粮食作物生长的砂砾瘠土和高岗山坡地成为宜农土地。这就大幅度增加了中国粮食作物的种类和产量，促进了中国农业生产的发展，有效地解决了民食问题，刺激了明清人口的增加。全国人口从明初洪武年间的6600多万人增加到清初乾隆年间中国的人口41000多万，占当时世界人口的三分之一多。也推动了农产品的商品化，人们的饮食结构和生活习惯发生了重大变化，人们赖以生存的粮食不再仅仅是原来的大米、面粉，也可以是更容易种植的号称粗粮却富含淀粉、维生素的玉米、山芋、土豆。花生、葵花籽成了中国人最喜欢的零食。当然，美洲农作物的传入还带来一定程度的负面影响，在人口压力下为了扩大种植面积，而乱砍滥伐，毁坏林木，导致水土流失，对生态平衡造成一定破坏。3、巨额海外白银流入中国，加快了中国由自然经济转向货币经济的步伐。
随着美洲金银的发现和澳门对外贸易的发展，巨额海外白银流入明末清初的中国，加快了中国自然经济转向货币经济的步伐，促进了中国银本位和货币财政制度的确立。万历九年（1581年），张居正简化明朝的财税制度，全面推行一条鞭法，一切赋税、徭役统一折银缴纳，变实物税为货币税，表明中央政府正式承认了白银的本位货币地位，标志着中国货币财政制度最终确立。货币财政制度直接扩大了白银货币的使用范围，同时大大削弱了农民对封建国家的人身依附关系。
